Таллин был оставлен советскими войсками после кровопролитных уличных боев. Корабли Балтийского флота приняли на борт защитников города и ушли в Кронштадт.

Летом 1941 года Эстония была оккупирована немецко-фашистскими войсками. Фашисты зверски расправлялись с оппозиционным населением. К началу 1944 года в Эстонии было создано 20 концлагерей.

В 1941 году на оккупированной территории началось партизанское движение. В 1943 году эстонские партизаны приняли участие в героической “рельсовой борьбе”. Многие операции проводились вместе с русскими и латышскими партизанами.