С XIII века для Таллина начинается период продолжительной освободительной борьбы за свою независимость. Вторгшиеся с юга немецкие феодалы захватили часть Эстонии. Действуя под флагом “крестовых походов”, при непосредственной поддержке римско-католической церкви, немецкие крестоносцы на самом деле преследовали лишь одну цель - захват и порабощение соседних земель.

Значительную помощь эстонцам в борьбе против всевозможных захватчиков оказывали русские войска. После того, как в 1217 году эстонские и русские силы объединились, немецкие рыцари обратились за поддержкой к Дании. После усиленной подготовки весной 1219 года Дания направила к Таллину внушительный по тем временам флот.

Внезапность нападения решила успех боя: датчане овладели городом. Так начался для Таллина период чужеземного господства, длившийся много столетий.

Утвердившись в городе, завоеватели построили на Тоомпеа так называемую Малую крепость - ее остатки и по сей день сохранились в древнейших частях находящегося здесь замка.